Puskesmas Kutamendala dibangun sekitar tahun 1992 dan di resmikan pada tanggal 5 Mei 1992 oleh Kepada Dinas Kesehatan Kabupaten Brebes. Sejak awal berdiri dan beroperasi sebagai Puskesmas sampai dengan tahun 2009 statusnya sebagai Puskesmas non rawat inap dan berdiri sendiri. Pada tahun 2009 sampai 2010 statusnya bergabung dengan Puskesmas Tonjong. Tahun 2010 hingga sekarang Puskesmas Kutamendala berdiri sendiri sebagai Puskesmas Non Rawat Inap.
Kepemimpinan Puskesmas Kutamendala dipimpin oleh Kepala Puskesmas. Adapun sebagai berikut:
Tahun 2010 s.d 2015 : dr. Ida Rakhmawati
Tahun 2015 s.d 2020 : Ns. Edi Purwanto, S.Kep
Tahun 2020 s.d sekarang : dr. Ida Rakhmawati